Sempre in campo artistico merita un discorso a parte l'arte pre e paleocristiana molto radicata in questa terra, tanto da poter quasi arrivare a considerare l'intera Puglia come un unico grande sito archeologico. Ricordando la primaria importanza che questi luoghi hanno rivestito per la comunicazione e gli scambi commerciali col vicino oriente, viene naturale pensare che la dominazione straniera affondi le sue origini fin nella cultura ellenistica e romana.

La riscoperta archeologica della Puglia si snoda non solo tra i musei, ma soprattutto alla ricerca sul territorio delle consistenti tracce del passato. La scoperta di rovine di intere città ha infatti fornito indicazioni per la ricostruzione dello stile di vita degli antichi abitatori di queste zone: i corredi funerari, i vasi, le monete, le statue, i monili e gli svariati oggetti di uso quotidiano rinvenuti durante le campagne di scavo raccontano la storia dei popoli considerati i pilastri della civiltà moderna.

La città di Egnazia ne è un esempio; qui è possibile ammirare i resti della civiltà messapica che ha lasciato tante strane testimonianze. E' uno dei centri archeologici più interessanti della Puglia, le rovine sono semisepolte nell'acqua: le tombe rettangolari, piene di incrostazioni marine, sono scavate nelle rocce. EGNATHIA fu una città messapica e poi romana fiorente per i suoi traffici e per la sua produzione di ceramiche. Ancora oggi, attorno all'ACROPOLI, circondata da mura, notiamo i resti dei pavimenti, dei portici, dei templi, del FORO, i ruderi di un ANFITEATRO e di una BASILICA a tre navate divisa da colonne di cui restano le basi, le pietre dell'antica via TRAIANA con i solchi delle ruote, e poi cisterne, pozzi, tombe, tratti di mura ciclopiche che si spingono fin presso il mare dove rimangono alcuni resti del porto.

Probabilmente un evento bellico nel corso della ventennale guerra greco-gotica (V secolo d.C.) investì la città. In ogni caso è in quell'epoca che la città decadde per non riprendersi mai più. La vita oggi è rappresentata dalla ricerca archeologica, dai visitatori che possono ammirare il Parco Archeologico e, oltrepassando un tipico muretto a secco pugliese, visitare il moderno Museo Nazionale e l'annessa necropoli messapica dove, fra altri reperti, si può ammirare il notevole mosaico delle Tre Grazie, unico documento musivo figurato finora conosciuto ad Egnazia (il soggetto del mosaico è mitologico ed era ampiamente diffuso nelle arti figurative di età romana).
Nella città di Ostuni, all'interno dell'ex convento delle Monacelle, ha sede il Museo di Storia delle Civiltà Preclassiche della Murgia meridionale che raccoglie una serie di reperti inerenti le indagini stratigrafiche condotte sul territorio alla ricerca di tracce di civiltà preclassiche oltre ai resti di una donna in avanzato stato di gravidanza che per la sua età, circa 20.000 anni, è considerata la madre più vecchia del mondo. La città di Taranto, oltre a preservare gli ultimi resti dell'edilizia magno-greca quali l'anfiteatro, un tempio dorico, parte di un acquedotto e le terme, è sede del Museo Archeologico Nazionale. Qui sono conservati reperti, provenienti da corredi funerari, famosi soprattutto per la squisitezza della lavorazione a filigrana dei metalli preziosi.
Ma la scoperta del passato di questa terra non è legata unicamente alle civiltà greca e romana. Infatti, la caduta del Sacro Romano Impero portò un periodo di grande confusione storica che sfociò nel Medioevo e costrinse alla fuga dal vicino oriente molti monaci bizantini che qui si rifugiarono, vivendo in semiclandestinità al riparo delle gravine. Le gravine sono una sorta di frattura e, dovute a fenomeni sismici, scavate dal vento e dai fiumi sotterranei che incidono profondamente il territorio pugliese, furono luoghi ideali per la nascita e l'insediamento di queste comunità.
La riscoperta di questi luoghi è un viaggio segnato da colori, graffiti ed incisioni tipici dell'iconografia cristiano-ortodossa che testimoniano il fervore cristiano dei loro abitatori.

Nel comprensorio di Fasano, più precisamente a Lama d'Antico, resiste tuttora una chiesa a pianta greca sovrastata da più cupole in cui è possibile ammirare un affresco raffigurante Cristo tra la Vergine Maria e S. Giovanni Battista risalente all'incirca al XII secolo. A Massafra, nella gravina di S. Marco, si trova un altro imponente insediamento rupestre. Anche qui è molto forte l'influenza delle comunità cristiane che vi si insediarono. E' possibile ammirare il Cristo Pantocrate custodito nella cripta di S. Marina, così come altri esempi della ricchezza decorativa di questo particolare tipo di affreschi sono visibili nelle cripte dette della Madonna della Candelora e di S. Maria della Buona Nuova. E' opportuno ricordare ancora una volta che questi luoghi non erano solo sede del culto divino, ma erano strutturati come vere e proprie comunità.